腸病毒的傳染力極強，但可透過簡單的衛生保健動作－「時時正確洗手」，有效降低感染的機會。
一、預防方法
（一）勤洗手，養成良好的個人衛生習慣。
（二）均衡飲食、適度運動及充足睡眠，以提昇免疫力。
（三）生病時，應儘速就醫，請假在家多休息。
（四）注意居家環境的衛生清潔及通風。
（五）流行期間，避免出入人潮擁擠、空氣不流通的公共場所。
（六）儘量不要與疑似病患接觸，尤其是孕婦、新生兒及幼童。
（七）新生兒可多餵食母乳，以提高抵抗力。
（八）兒童玩具（尤其是帶毛玩具）經常清洗、消毒。
（九）幼童之照顧者或接觸者應特別注意個人衛生。
二、消毒方法
（一）消毒方法的選用：
1.腸病毒對酸及許多化學藥物具抵抗性，如抗微生物製劑、清潔劑、部分消毒劑及酒精，均無法殺死腸病毒。
2.醛類、鹵素類消毒劑（如市售含氯漂白水）可使腸病毒失去活性。
3.腸病毒於室溫可存活數天，4℃可存活數週，冷凍下可存活數月以上，但在50℃以上的環境，很快就會失去活性，所以食物經過加熱處理，或將內衣褲浸泡熱水，都可以有效減少腸病毒傳播。
4.乾燥可降低腸病毒在室溫下存活的時間。
5.紫外線可降低病毒活性。
6.選用通過本署委託「國家生技醫療產業策進會」審查推薦之防疫產品（委託審查計畫已於104年底結束，相關防疫產品之認證屆效時限最遲至105年底）、或其他具檢驗報告可證實對腸病毒有效之消毒藥品。
（二）含氯漂白水之使用方法（使用時請穿戴防水手套並注意安全）：
1.一般環境消毒，建議使用500ppm濃度之漂白水。
2.針對病童分泌物或排泄物污染之物品或表面，建議使用1000ppm之漂白水。
3.以泡製500ppm含氯漂白水為例：
(1)取巿售家庭用漂白水（濃度一般在5到6%）5湯匙（一般喝湯用的湯匙，約15至20cc）。
(2)加入10公升的自來水中（大寶特瓶每瓶容量1,250cc，8瓶即等於10公升），攪拌均勻即可。
註：如無法區分為腸病毒或病毒性腸胃炎（諾羅病毒或輪狀病毒）感染，則建議參考「校園環境消毒與嘔吐物及排泄物消毒處理方式及注意事項」（請參閱本署全球資訊網(專業版) >傳染病介紹>疾病介紹>病毒性腸胃炎>宣導素材>衛教宣導建議>學校病毒性腸胃炎防治手冊之附件四），使用5000ppm濃度之漂白水處理嘔吐物及排泄物，以徹底殺滅
（三）環境消毒重點：
1.不需要大規模噴藥消毒。
2.只需對於常接觸物體表面（門把、課桌椅、餐桌、嬰兒床柵欄及樓梯扶把等）、玩具、遊樂設施、寢具及書本等做重點性消毒。
3.清洗完畢的物體移至戶外，接受陽光照射，藉由紫外線殺滅病毒。